Ensembles de données

Le 7 avril 2020, l’ICES a commencé à recevoir chaque jour des Services de cybersanté de l’Ontario des données sur les demandes de dépistage de la COVID-19 enregistrées dans le Système d’information de laboratoire de l’Ontario (SILO). Les données reçues constituent un fichier de données minimal extraites des demandes des laboratoires comportant des codes de demande de test spécifiques à COVID-19 ou des Logical Observation Identifiers Names and Codes (LOINC) et d’autres codes de ces types indiquant des tests de dépistage de virus, dont les virus respiratoires. Le nettoyage, l’analyse et l’agrégation des données du SILO sur la COVID-19 ont été effectués à l’aide de scripts Python créés à l’ICES. Les scripts traitent et scindent le fichier de données minimal d’origine du SILO en deux fichiers prêts à être utilisés pour la recherche : 1) en analysant les résultats de laboratoire relatifs au SRAS-CoV-2 et à d’autres virus respiratoires, et 2) en regroupant les résultats de laboratoire de COVID-19 en « épisodes de test » plus pertinents sur le plan clinique. Le fichier de données minimal d’origine reçu du SILO contient des identifiants permettant de faire des liens, en plus des informations sur les résultats des tests, comme les identifiants des patients, les identifiants des demandes, les noms des laboratoires, les codes de demande, les codes LOINC, les heures de publication des résultats des tests, les statuts des résultats des tests et les résultats des tests en texte libre. Le fichier de données analytiques recommandé est obtenu en agrégeant les informations du fichier de données minimal par individu unique et par date de test (c’est-à-dire l’épisode de test), afin de représenter le statut global du résultat du test de COVID-19 pour chaque personne dépistée chaque jour. Les variables comprises dans ce fichier de données comprennent la province, le code postal, la date de naissance, le sexe, le numéro crypté de la carte d’assurance maladie, la date de prélèvement de l’échantillon, la date de publication du résultat, le fait qu’un dépistage de la COVID-19 ait été effectué ou non, le résultat du dépistage de la COVID19 (positif/présumé> indéterminé > négatif > en attente > annulé > rejeté). En raison du temps nécessaire au transport et au traitement des échantillons, il faut jusqu’à six jours pour qu’environ 95 % des résultats soient finalisés et communiqués pour une date de test donnée. En d’autres termes, plus la différence entre la date de réception du fichier de données et la date de collecte des échantillons (date d’observation) est grande, plus il est probable que nous disposions de tous les résultats pour cette date de collecte des échantillons.

Le fichier de données intégré sur les tests de dépistage de la COVID-19 provient de trois sources de données : 1) Le Système d’information de laboratoire de l’Ontario (SILO) contient les épisodes de tests de la COVID-19 utilisant des tests PCR standard, de janvier 2020 à aujourd’hui; 2) Les données de tests distribuées par les laboratoires au sein du réseau de dépistage de la COVID-19, avec des résultats uniquement jusqu’au 13 avril 2020 (avant l’obligation de déclarer tous les résultats des tests au SILO, Santé publique Ontario compilait dans une base de données distincte les résultats des tests effectués par les laboratoires membres de ce réseau); et 3) La solution de gestion des cas et des contacts de la santé publique (CCM), anciennement connue sous le nom de Système intégré d’information sur la santé publique (SIISP), un fichier de données au niveau du client (et non des épisodes de tests) pour les personnes qui sont confirmées positives à la COVID-19 selon la définition de cas provinciale, de janvier 2020 à aujourd’hui.

Les données sur la vaccination comprennent trois tableaux distincts contenant des renseignements sur la vaccination, les rendez-vous et le dépistage.

Les données sur la vaccination ont pour but de fournir une mise à jour hebdomadaire du nombre et des types de vaccins contre la COVID-19 administrés dans la province du Manitoba. 

Les données sur les rendez-vous ont pour but de recueillir et de consigner les rendez-vous de vaccination contre la COVID-19 pris dans le système en ligne, y compris les modifications et les annulations.

Les données de dépistage visent à recueillir et à consigner les données de dépistage sur les catégories de personnes vaccinées et les indicateurs spécifiques qui sont à l’étude.

Contient des renseignements sur la vaccination contre la COVID-19, y compris : la ou les dates d’administration des doses, la raison de l’administration (personnel de la santé, résident d’un établissement de soins de longue durée, autres groupes prioritaires), les renseignements sur le vaccin (fabricant, numéro de lot, diluant), le lieu et l’unité de santé publique responsable de l’administration du vaccin et les renseignements sur le client (sa date de naissance, ses caractéristiques démographiques [âge, sexe] et le code postal de son lieu de résidence).

Le système de gestion des cas et des contacts (CCM) est un répertoire central de données pour la gestion des cas et des contacts à la COVID-19 et la production de rapport en Ontario. Ces informations sont utilisées pour la surveillance locale, provinciale et nationale.